La réforme de la facturation électronique entre progressivement en vigueur à partir de 2026. Si les notes de frais ne sont pas directement assimilées à une facture, elles seront tout de même impactées par les nouvelles règles de dématérialisation, de transmission et d’archivage. Justificatifs électroniques, TVA, conservation des données, outils de gestion des notes de frais : les entreprises doivent dès maintenant vérifier si leurs processus sont prêts pour ce nouveau cadre.
Découvrez notre guide pour mieux gérer vos notes de frais conformément à la réforme 2026 sur la facturation électronique.
Ce qu’il faut retenir
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- Les notes de frais ne sont pas des factures B2B, mais les justificatifs qui les accompagnent (hôtel, transport, prestations) peuvent être de véritables factures électroniques soumises à la réforme.
- La conservation du format d’origine est essentielle : scanner ou imprimer une facture électronique reçue par un salarié fait perdre des informations utiles et fragilise la récupération de la TVA.
- La mise en conformité repose sur trois équipes : les RH pour les usages, la DAF pour les règles fiscales et la DSI pour l’interconnexion des outils.
- Certains cas restent hors périmètre, comme les frais kilométriques ou les dépenses auprès de particuliers, mais l’archivage rigoureux reste requis pour tous les justificatifs.
Facturation électronique 2026 : ce que la réforme change pour les entreprises
Au cœur de la réforme, l’ordonnance du 15 septembre 2021 qui généralise la facturation électronique entre entreprises assujetties à la TVA et la transmission des données de transaction à l’administration fiscale.
Trois flux sont concernés :
| Émission | L’entreprise doit désormais envoyer ses factures dans un format électronique structuré |
| Réception | L’entreprise reçoit les factures fournisseurs via une plateforme agréée |
| E-reporting | Certaines données de transaction ou de paiement sont en outre transmises à l’administration fiscale |
Le changement est donc synonyme de structuration ! Toute facture électronique devra respecter un format de type Factur-X, UBL ou CII. Oublié donc, le simple scan envoyé par mail : les entreprises devront respecter un cadre strict.
Côté système d’information, la réforme oblige surtout l’entreprise à s’assurer que les outils communiquent entre eux. Une facture électronique reçue via une plateforme agréée devra pouvoir être rapprochée d’une dépense, transmise à la comptabilité ou encore contrôlée pour la TVA sans perte de données. Avec un ERP, un outil de gestion des frais professionnels et une comptabilité bien connectés, on s’évite un traitement manuel de chaque facture.
E-invoicing et e-reporting : deux obligations à ne pas confondre
La réforme introduit deux nouvelles obligations :
L’e-invoicing concerne les factures B2B entre entreprises assujetties à la TVA et établies en France. Chaque facture devra alors être émise, reçue et traitée dans un format électronique structuré.
L’e-reporting couvre les opérations qui n’entrent pas dans ce périmètre : ventes B2C, transactions avec des entreprises étrangères ou certaines données de paiement. Les informations sont alors transmises périodiquement à l’administration.
Cette distinction a un impact direct sur les notes de frais. Le remboursement des frais professionnels versé au salarié reste une opération interne : ce n’est pas une facture B2B. En revanche, la dépense à l’origine de cette note (hôtel, transport, location, repas professionnel, achat de matériel, etc.) peut, elle, donner lieu à une vraie facture électronique.
Les équipes RH et comptables devront donc savoir récupérer et conserver ces justificatifs dans leur format d’origine, en évitant de les transformer en simples scans ou en images. Garder sa facture électronique au bon format est ce qui permettra ensuite de sécuriser la récupération de la TVA lorsque la dépense y ouvre droit.
Le rôle des plateformes de dématérialisation partenaires
Les plateformes de dématérialisation partenaires, ou PDP, sont les opérateurs privés agréés par la DGFiP pour ces tâches d’émission, de réception et de transmission de chaque facture électronique, ainsi que de certaines données de reporting.
Afin de bien choisir sa plateforme, l’entreprise devra songer à l’interconnexion avec le reste de ses outils. On s’assurera surtout de :
- l’intégration possible avec l’ERP et la comptabilité
- la compatibilité avec l’outil de dématérialisation des notes de frais
- la capacité d’archivage de chaque facture
- la gestion des formats structurés
- la restitution des données en cas de contrôle fiscal.
Chorus Pro reste la référence pour la facturation électronique du secteur public, déjà en place depuis plusieurs années. Pour les flux B2B privés, le rôle des plateformes agréées devient central, chaque structure ayant à choisir la sienne avec soin.
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Notes de frais et réforme : quel périmètre, quelles obligations réelles ?
La note de frais est un document interne qui permet à un salarié ou à un collaborateur de demander le remboursement d’une dépense engagée pour l’entreprise. En principe, elle n’est donc pas directement soumise à l’obligation d’e-invoicing.
Mais en réalité, le sujet ne s’arrête pas là. Car chaque note s’appuie sur un justificatif, et celui-ci peut s’avérer être une facture électronique au sens de la réforme.
Quelques exemples concrets :
- un hôtel émet une facture électronique pour une nuit professionnelle
- une compagnie de transport fournit un justificatif dématérialisé
- un fournisseur de services transmet une facture structurée
- ou un collaborateur règle une dépense puis l’ajoute à sa note de frais
Dans ce cas, l’entreprise devra conserver la facture dans un format fiable et exploitable par la suite. On le voit, la réforme renforce donc l’exigence autour de la collecte, du traitement et de l’archivage électronique.
Un point de vigilance important : si la facture originale est électronique, on veillera à ne pas la dégrader. L’imprimer ou la scanner, notamment peut faire perdre des informations utiles. À l’inverse, pour les factures papier numérisées, l’article A102 B-2 du Livre des procédures fiscales impose des conditions strictes de reproduction, d’intégrité, de conservation et d’horodatage.
Côté usages, suite à l’entrée en vigueur de la réforme, la gestion des notes de frais devra évoluer sur plusieurs points :
- les salariés recevront davantage de justificatifs électroniques
- les outils devront accepter des formats structurés
- les équipes comptables devront pouvoir contrôler plus facilement les données de TVA
- l’archivage devra garantir l’intégrité des documents
- les règles internes devront préciser les formats acceptés.
Certains cas restent spécifiques, notamment les frais kilométriques, qui ne relèvent pas de la facturation électronique. Ceux-ci reposent sur le barème fiscal et les justificatifs de déplacement. Les dépenses auprès de particuliers ou de micro-entreprises peuvent elles aussi sortir du cadre de l’e-invoicing, selon la situation du fournisseur. Pour les notes de frais à l’international, la réforme française ne s’applique pas aux justificatifs étrangers, mais l’entreprise devra tout de même conserver les documents correctement.
L’objectif de ces changements n’est bien sûr pas de compliquer la vie des collaborateurs, mais d’éviter les pertes de données, les justificatifs illisibles et les risques de rejet en cas de contrôle.
Mettre en conformité sa gestion des notes de frais : étapes et bonnes pratiques
Pour se mettre en conformité, il ne s’agira pas seulement de mettre en place un nouvel outil. Bien souvent, l’entreprise devra revoir l’ensemble de son processus de gestion des notes de frais, de la soumission à l’archivage.
Sur ce point, les trois équipes RH, DAF et DSI auront à travailler ensemble. Les premières connaissent les usages des salariés. La direction financière maîtrise les règles fiscales et enfin, la DSI garantit l’interopérabilité entre les outils.
1. Auditer les processus actuels
La première étape consiste à observer son processus de note de frais à l’instant T et à se demander :
- Comment une note de frais est-elle créée ?
- Où les justificatifs sont-ils déposés et qui les valide ?
- À quel moment la comptabilité récupère-t-elle les données ?
- Comment les documents sont-ils archivés ?
Cet audit devra identifier les points faibles tels que l’envoi de facture par simple mail, les scans de mauvaise qualité, les outils non connectés à la comptabilité ou l’archivage approximatif.
La maturité de l’outil existant compte, elle aussi : celui-ci devra traiter des factures électroniques structurées, conserver les justificatifs sans les altérer et communiquer avec l’ERP et le logiciel comptable notamment.
2. Adapter les outils et les processus
Une fois les points importants identifiés, l’entreprise peut adapter son organisation et choisir un outil de gestion des notes de frais post-réforme qui propose :
| OCR avancé | Pour extraire les données utiles du justificatif ou de la facture |
| Formats structurés | L’outil doit pouvoir traiter les formats utilisés dans la réforme, comme Factur-X, UBL ou CII, pas uniquement stocker un PDF ou une image de la facture |
| Archivage à valeur probante | Pour conserver les documents dans un cadre fiscal sécurisé |
| Connecteurs comptables | Pour limiter les ressaisies des notes de frais par la comptabilité |
| Contrôle de TVA | Pour fiabiliser la déduction lorsque la dépense le permet |
Parfois oubliée, la politique de remboursement de l’entreprise devra elle aussi être mise à jour pour aider aux bonnes pratiques. Elle précisera les formats acceptés, les délais de transmission, les règles en cas de justificatif manquant et les usages attendus côté salarié.
Pour faciliter la démarche, mieux vaut éviter les procédures trop complexes, qui pousseraient les collaborateurs à chercher des raccourcis. Le bon équilibre : une règle claire, un outil simple et un contrôle de qualité.
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3. Former et sensibiliser les collaborateurs
Pour être comprise et appliquée, la réforme ne doit pas être présentée comme un sujet exclusivement comptable. Les salariés sont en réalité les premiers acteurs de son application, puisque ce sont eux qui récupèrent les justificatifs et déposent les notes de frais.
La communication interne devra donc rester concrète et indiquer :
- quels documents transmettre
- sous quel format
- dans quels délais
- depuis quel outil
- et que faire en cas de justificatif papier ou étranger.
Les équipes comptables devront quant à elles savoir reconnaître les formats électroniques, contrôler les données et traiter les cas litigieux.
Dispositif supplémentaire fort utile, la FAQ interne, qui peut suffire pour éviter beaucoup d’erreurs. Elle répondra notamment aux questions sur les frais de repas, d’hôtel, de transport, les frais kilométriques, les questions de facture perdue ou encore de paiement par carte personnelle ou carte entreprise.
En fin de compte, bien que les notes de frais ne figurent pas directement dans le périmètre de l’e-invoicing, elles seront concernées par la réforme via leurs justificatifs. Ignorer ce sujet expose l’entreprise à des risques : mieux vaut donc traiter la facturation électronique correctement et à l’avance, pour être parfaitement prêt au moment du basculement.
